税務調査はどんな流れで行われる？ 実地調査とその前後の対応

会社に税務調査が入ったときのことを考えると、「どんな対応をすればいいのかわからなくて不安」という人も多いのではないでしょうか。
今回は、税務調査のスケジュールを「どのように対応すればいいのか」という点に触れながらご紹介します。

税務調査が行われる目的や、調査対象として選ばれやすい会社の傾向などについては、コラム「税務調査はなぜ行われる？ 調査の目的、選ばれやすい会社とは」で詳しくご紹介しています。そちらもぜひご覧ください。

＜目次＞

• 税務署からの接触には2つのパターンがある
• 税務調査はこういう流れで行われる
• まとめ

税務署からの接触には2つのパターンがある

一般的な税務調査（任意調査）の始まり方には「事前に税務署から連絡が来るケース」と「何の前触れもなく調査官が会社に来るケース」の2パターンがあります。

事前に税務署から連絡が来るケース

納税者の税務を代理で行うことを示す「税務代理権限書」というものがありますが、顧問税理士がこれを税務署に提出している場合、基本的には税務調査の前に連絡が来ます（必ずしも事前連絡が来るわけではなく、突然訪問されることもあります）。
税務代理権限書に「調査の通知は税理士に連絡」という旨を記載しておけば、事前の連絡は税理士にいく仕組みになっています。

なお、事前に通知される事項は「国税通則法」で以下のように定められています。

• 質問検査等を行う実地の調査を開始する日時
• 調査を行う場所
• 調査の目的
• 調査の対象となる税目
• 調査の対象となる期間
• 調査の対象となる帳簿書類その他の物件
• その他調査の適正かつ円滑な実施に必要なものとして政令で定める事項

何の前触れもなく調査官が会社に来るケース

サービス業や小売業など、お客さんに現金を払ってもらう会社には事前通知なしで来ることが多いです（現金払いであれば記録を残さないことも可能であるため）。
調査官が突然やって来た場合、すぐに顧問税理士に連絡して調査官の対応を依頼します。調査官には待ってもらい、税理士が来てから税務調査を始めてもらうのがベストです。

税務調査はこういう流れで行われる

税務調査は通常2日間で実施されます。1日で終わる場合や3日以上に延長されるケースもありますが、基本は2日です。
ここでは「税務調査の流れ」について、税務調査が始まる前から実地調査が終わったあとまでを「その時々でどんな対応をすればいいか」を交えながらご説明します。

税務調査が始まる前

まずは、いつ税務調査に入ってもらうのかを決めます。
事前連絡が来た際に税務署から日程を言い渡されますが、「繁忙期で時間が取れない」など都合が悪ければ別日を提案しても問題ありません。この点は柔軟に対応してくれます。
また、事前通知事項が万が一伝えられなかった場合は遠慮なく質問しましょう。

実地調査1日目

開始時間（調査官が訪問する時間）は9時30分～10時前後になるケースが多いです。
まずは会社の概況などについての質問が行われます。これは経営者である社長が対応します。組織の構造から社長の趣味まで幅広い質問が予想されますが、調査官は特に「お金の流れ」について深く質問してくるということを覚えておいてください。
質問が終わると、実際に帳簿の確認作業などが開始されます（正午ごろに昼休憩で中断します）。ちなみに、この段階で社長が対応する必要はなく、経理担当者に任せてしまっても問題ありません。必要書類をしっかり用意しておけば大丈夫です。
16時頃になると2日目の打ち合わせをして、初日は終了です。この時点で「2日目までに○○の資料を準備してほしい」などと頼まれた場合は、言われた通りに対応しましょう。

実地調査2日目

初日と同じ時間に調査官が来ます。初日に準備をお願いされた資料がある場合はそれを渡します。その後、夕方まで調査が続けられます。
2日目も16時頃に終了となり、最後に2日間の調査内容についての報告を受けます。この時点で調査が完了していなければ、調査官に資料を持ち帰ってもらいます。また、2日間で用意できなかった資料がある場合、追加の資料を依頼された場合は、できるだけ早く提出すべきです。

実地調査が終わったあと

実地調査終了後、短くて1週間、長くて数カ月程度、税務署からの問題指摘とそれに対する反論（交渉）を行います。
最終的に税務署から指摘事項（否認事項）が報告され、それに納得できた場合は「修正申告書」を作成・提出し、追徴税額を納付して税務調査は終了です。
納得できなかった場合は調査官に申し述べることができます。この場合は税務署との協議になりますが、その旨が認められず、修正申告書を提出しない場合は、「更生」の処分を受けることになります。
なお、税務署から指摘事項の報告がなかった場合は、そのまま税務調査が終了となります。

まとめ

いざ税務調査の対象に選定されると、会社側には日程を変えてもらうくらいのことしかできません。つまり、「日々の経理をいかに丁寧に、正確に行うか」、そして「税務調査が決まったら、それに向けてしっかり準備できるか」が重要になるといえるでしょう。